آیت الله حاج شیخ مرتضی یزدی در ۱۴ ذیالحجه الحرام ۱۳۳۴ قمری در شهر اراک دیده به جهان گشودند که مقارن با دومین سال اقامت مرحوم حاج شیخ عبدالکریم در آنجا بود و چون مرحوم حاج شیخ عبدالکریم درسنة ۱۳۴۰ قمری به قم مهاجرت نمودند و قصد اقامت کرده و حوزهی علمیه تأسیس نمودند آقا شیخ مرتضی آن زمان ۶ ساله بودند. ادبیات و مقدّمات را نزد آقا میرزا محمد علی ادیب طهرانی و آقا شیخ ابوالقاسم نحوی و آقا شیخ علی خوانساری متفقّهی سپری کردند و سپس سطح را در نزد اساتیدی از قبیل مرحوم آیة الله آقا سید شهاب الدین مرعشی نجفی و آیة الله حاج سید محمد رضا گلپایگانی فرا گرفتند. آیة الله گلپایگانی میگفتند: حاج شیخ عبدالکریم به من فرمودند فرائد را برای ایشان درس بگو و به او اجازه بده که حرف بزند و مطلبی که به ذهنش میآید بگوید.
مرحوم آقا شیخ مرتضی پس از طی این سطح در نزد چنین اساتیدی، به دروس عالی و خارج پرداختند تا با جدیّت و تلاش بیوقفه و استمداد از خداوند علیِّ اعلی و اهل بیت(علیهم السلام) به مقام رفیعی از اجتهاد نائل شدند. اساتید گرانقدر ایشان در این دوره: والد ماجدشان حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی که سهم به سزایی در تربیت علمی و عملی این فرزند بروند خود داشتند و دیگر مرحوم آیة الله آقا سید محمد حجت کوه کمری که ابوالزوجه ایشان نیز بودند و مرحوم آیة الله آقا سید محمد تقی خوانساری و مرحوم آیة الله بروجردی رحمة الله علیهم اجمعین بودند.
مرحوم علامه رضوان الله علیه قسمت زیادی از کفایه را نزد ایشان درس گرفتند و تقریرات این دروس را مرقوم فرموده و به یادگار گذاشته اند.
در بین مدرسین و آیات عظام آن روز به استثنای مرحوم آیة الله اراکی که میگویند از ایشان کمتر نبودند کسی به پایه تحقیق و تعمّق و تدقیق ایشان نمیرسید با این وجود ایشان زمانی که در درس خارج فقه یک فرع فقهی را مطرح میکردند و وارد بحث میشدند بعد از طرح اقوال و بیان ادلّه و تأیید یا نقد آنها در نهایت وقتی به نظری میرسیدند با کمال تواضع میفرمودند: ما فقط بحث علمی میکنیم و ادلّه از جهت علمی بر این قول دلالت دارند ولی این فتوای من نیست و هیچوقت فتوا ندادند و حاضر نبودند با جزم و یقین بگویند که حکم این است و این به جهت زهد و تقوای ایشان بود. در موقع درس ایشان مطالب را روی کاغذ مینوشتند ولی وقتی بیان میکردند همینطور دست به پیشانی داشتند و کمی فکر میکردند و ادامه میدادند و وقتی ما تطبیق میکردیم با آنچه نوشته بودند میدیدم یک ادله دیگری فیالبداهه گفته بودند.
روزها از مسجد عشقعلی که محل تدریس ایشان بود همراه ایشان به طرف منزلشان میرفتیم و سؤالات خود را از خدمتشان میپرسیدیم با آن مقام علمی اگر کسی در راه از ایشان مسألهی اختلافی از مسائل شرعی میپرسید از پاسخ دادن استنکاف میفرمودند و به آیة الله گلپایگانی که منزلشان قریب منزل ایشان بود ارجاع میدادند[۱].
آنچه از زندگی آن مرد پاک و بزرگوار مشهود بود زهد و پارسایی و بیاعتنایی او به دنیا و تشریفات و عناوین بود، ایشان اصلاً به دنبال مرجعیت نبود و هیچگونه مقدمه چینی برای آن ننمود و حتی برای گفتن درس بر روی منبر نمینشست بلکه روی زمین تدریس میکردند با آنکه جمعیت تلامیذ ایشان کم نبود و علاوه بر آن کسالت ایشان ایجاب میکرد که منبر بروند و درس بگویند حتی از نشستن بر روی پتو در حین درس نیز ابا داشتند. منزل ایشان همان منزل خشتی پدر بزرگوارشان بود و بدون هیچ تغییری در آن تا آخر عمر در آن زندگی کردند حتی یک نفر اظهار آمادگی کرد که با خرج خود خانهی ایشان را در دو سه طبقه از نو بسازد که رفع همه حوائج و مشکلات از رفت و آمدهای ایشان را بکند که قبول نکردند و گفتند: پدر ما در همین خانه زندگی کردند.
ایشان از ریاست و مورد توجه عامه قرار گرفتن اجتناب کرده و فرار میکردند در روز عید قربان که در صحن مسجد امام حسن عسکری (علیه السلام) نماز عید خواندند بعد از فراغت از نماز دعایی خوانده شد و مردم به سجده رفتند. ایشان از آن فرصت استفاده کرده در حالی که مردم در سجده بودند برخاستند و از مسجد خارج شدند تا در معرض هجوم و روی آوردن مردم و دست بوسی آنان قرار نگیرند.
حضرت آیة الله حائری در اواخر عمر دچار کسالت قلبی شده بودند که موجب شده بود گاهی وقفهای در کار تدریس ایشان بوجود آید مخصوصاً در ماههای اخیر که با سختی تدریس میکردند. در همان ماهی که دار فانی را وداع گفتند وجهی برای ایشان میرسد ولی آن بزرگوار از گرفتن آن امتناع میکند و میگوید معلوم نیست که من زنده بمانم و بالاخره کسالت مزبور به اوج رسیده و ایشان بر اثر آن در صبح روز پنجشنبه ۲۴ جمادی الثانی ۱۴۰۶قمری از دنیا رحلت میکنند. فردای آن روز پیکر ایشان با ازدحام و اجتماع اقشار مختلف تشییع و توسط استادشان آیة الله حاج سید محمدرضا گلپایگانی بر پیکر ایشان نماز خوانده شد و در پایین پای والد بزرگوارش مدفون شدند[۲].